In 13 assassini Shinzaemon Shimada è un nobile samurai che riceve l'ordine di uccidere Naritsugu, lo spietato fratello minore dell'attuale Shogun. Assieme ad altri guerrieri il samurai organizza una trappola per catturare il ricco feudatario. Naritsugu è protetto da un temibile esercito comandato da Hanbei, che si scoprirà essere un grande nemico di Shimada.
Costui assieme ai suoi samurai si troverà ad affrontare una complicata missione suicida, servendosi di svariate trappole e contando sulle incredibili capacità dei suoi uomini per contrastare un'armata immensamente superiore alla sua.